Setelah sempat tertunda akhirnya vaksinasi berhasil dilaksanakan selama dua hari pada Selasa dan Rabu, 14 – 15 September 2021. Sejumlah 1200 lebih, siswa yang telah terdaftar mengikuti vaksinasi yang diselenggarakan oleh Polda Jawa Timur di kampus YPM komplek Megare.
Pada kegiatan vaksinasi itu, hadir pula Kepala Kepolisian Republik Indonesia Da3ah Jawa Timur Irjen. Pol Nico Afinta yang memantau secara langsung pelaksanaan vaksinasi. Kegiatan vaksinasi juga dihadiri oleh Ketua PWNU. Jawa Timur Drs. KH. Marzuqi Mustamar, M.Ag dan Rois Syuriyah PWNU Jawa Timur KH. Anwar Mansur yang berkenan menutup acara pembukaan dengan bacaan doa.
Siswa SMA Wachid Hasyim 2 Taman yang sedianya terjadwal hanya satu hari, mengalami kemoloran hingga beberapa siswa harus kembali lagi karena vaksin yang disediakan habis. Akan tetapi masalah ini terselesaikan pada hari kedua sehingga seluruh siswa SMA Wachid Hasyim 2 Taman sudah divaksin.